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1、微纳制造与机电系统集成技术(新能源装备制造技术、柔性机械电子)。
2、激光先进制造技术。
3、机械系统智能化设计理论与技术。
4、高效精密加工与成形技术及装备等专硕。
围绕发展信息技术、服务国家和区域信息化需求和规划，开展泛在网络和器件、制造、系统、计算、数据、软件等技术研究，实现网络与系统、信息装备先进制造、集成电路及关键元器件、数据与计算、软件等方面的关键技术突破。首期项目有宽带无线技术与传感网技术、新型显示技术、O-TFT、新型超大规模数据与计算技术等。
目前包括：
1.中科院微系统研究与发展中心
2.城市公共安全研究中心
3.新媒体无线技术研究中心
4.微纳器件研究中心
5.新型显示技术研究中心
6.高性能计算与数据中心
7.服务科学研究中心
8.新一代交通信息技术研究中心
9.传感应用技术研发中心
10.安全与应急实验室
11.智慧城市研究中心
12.仪电现代信息技术工程中心
13.声学与信息技术研究中心
14.文物保护联合实验室
15.国家网络新媒体工程技术研究中心（上海分中心） 围绕国家重大战略目标和国际发展前沿，坚持以国家层面的重大工程任务为牵引，以关键技术创新和系统集成创新为主导，加强微小卫星领域中前沿技术的原始科学创新，发展先进的微小卫星领域的系统技术、核心部件技术和相关的地面应用终端技术；在实现国家战略目标的过程中，不断掌握该领域尖端技术并形成自主的核心技术。
目前包括：
1.上海微小卫星工程中心（上海市/微系统所）
2.空间量子技术工程中心
3.量子技术专项办公室
4.高分辨率对地观测数据中心 围绕洁净煤、可再生能源、电力储能节能、核技术应用等低碳技术，开展清洁煤多联产/IGCC技术及其集成创新、CO2捕获和固定利用、太阳能光伏和集热发电、生物质和其他能源的耦合利用、电动车辆关键技术与整车设计等研究和应用，形成自主产权。首期项目有洁净煤技术及多联产、电动车辆和可再生能源新技术等。
目前包括：
1.清洁动力技术研究中心
2.低碳能源转化技术研究中心
3.低碳城市研究中心
4.太阳能研究与发展中心
5.可持续技术研究中心
6.能量储存与转化研究中心
7.清洁能源与材料中心
8.中科院清洁能源技术发展中心
9.温室气体与环境工程研究中心 以再生医学、纳米医学和转化医学为主线，注重多学科交叉融合，将干细胞研究、纳米技术与生物医学有机结合，以发展针对恶性肿瘤、心血管、慢性代谢、重大传染性等疾病的新型早期高灵敏诊断、预警以及有效治疗方法等为重点。高研院积极参与中科院“干细胞和再生医学研究与应用”战略性先导专项，在提高基础研究水平的同时，还将注重基础研究和临床应用的有机结合，建立具有一定规模的产学研究基地，形成“产学研”无缝衔接。
目前包括：
1、干细胞和再生医学研究中心
2、纳米医学与转化医学中心
3、高端医疗影像技术研究中心
4、中国科学院上海高等研究院-德雷塞尔大学联合中心(Drexel-SARI Center) 着重于凝聚态物理学的前沿研究领域，以信息功能材料、能源材料、生物工程材料研究为基础，以实现具有应用潜力的量子通信调控技术、新一代时间标频、快速灵敏的生物检测技术、新型耐高温抗辐射材料等为科研发展目标。
目前包括：
宏观量子现象与应用研究中心
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